Ignorada des de la romanitat , la cova fou descoberta el 21 d'abril de 1853, quan la perforació d'un pou dins la vila topà amb la galeria lateral que portava al riu subterrani. Una improvisada expedició remuntà el riu fins on els precaris mitjans i la gosadia els hi permeté. L'expedició descobrí també les grans galeries seques de l'actual entrada, llavors tapada pels sediments dipositats durant segles.

No seria fins el 28 d'agost de 1956 quan membres del Centre Excursionista Pirinenc, baixaren altre cop pel mateix pou i recorregueren bona part de les galeries fins un primer sifó que no pogueren flanquejar. Un any després s'obria l'entrada actual.

Espeleòlegs del C.E. Pirinenc, amb alguns espluguins, fent l'estudi d'una possible comunicació amb l'exterior pel setembre de 1956

Entrada de la Cova de la Font Major fins la seva adequació com a museu

Empremtes del corrent en les parets de la cavitat